Die Honigorchis gehört einer artenreichen Gattung an, die vor allem in Asien verbreitet ist und Europa nur mit einer Art erreicht. Die Einknollige Honigorchis ist weit verbreitet, ihr Areal reicht von Zentraleuropa bis an die ostasiatischen Küsten. In Deutschland ist sie jedoch allein im Alpenvorland noch häufiger.

In Thüringen war sie schon immer selten; in den letzten 10-15 Jahren setzte jedoch ein weiterer drastischer Rückgang ein. Die ehemaligen Funde in Mittel- und Ostthüringen sind lange erloschen, die aktuellen Funde konzentrieren sich seit Jahren auf die Vorderrhön und den Zechsteingürtel südlich des Thüringer Waldes.

Die Honigorchis siedelt in mageren, lückigen, kalkbeeinflussten Halbtrockenrasen. Bevorzugt werden halbschattige Lagen. Auch in wechselfeuchten Wiesen am Rand von Kalkflachmooren kann man die Art finden. Je trockener der Standort ist, desto mehr werden absonnige Lagen bevorzugt. 

In den letzten fünf Jahren ist die Art, wohl bedingt durch die klimatischen Veränderungen (Trockenheit!, Veränderungen in der Vegetationszusammensetzung), aber auch eine veränderte Bewirtschaftung (ungenügende Schafbeweidung einerseits, andererseits Beweidung zur Blütezeit) weiter zurückgegangen und kommt nunmehr nur noch in ganz geringer Individuenzahl an sehr wenigen Wuchsorten vor.

Obwohl ihre letzten Vorkommen innerhalb von Schutzgebieten liegen, ist sie akut vom Aussterben bedroht.